現在、日本政府は、2018年の「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」のユネスコの世界遺産登録を目指しています。その一方で、現存するいわゆる「かくれキリシタン」の信仰活動は、伝承者の減少もあり失われつつあります。本会では、そうしたかくれキリシタンの痕跡を明らかにし、長崎・天草に限らず全国に広がる潜伏キリシタンを調査し、時と共に退化・風化してしまう有形、無形の遺物や文化財を収集し、その姿を日・英併記で記録し発信します。また、シンポジウムや展覧会を催して、広く一般にもその歴史を伝え後世に残る活動を行います。
16世紀の半ばにフランシスコ・ザビエルによって日本に伝えられたキリスト教は、中世の多くの日本人の心をつかみ、一時は織田信長、豊臣秀吉にも受け入れられキリシタン大名が数多く登場しました。その後、禁教令・鎖国体制によって、日本のキリシタンに暗黒の時代が訪れます。そのような時代に数百年にわたって秘かにキリスト教の信仰を守りつづけてきた人々を、現在の研究では「潜伏キリシタン」と呼んでいます。日本のキリスト教は、「繁栄→弾圧→潜伏→復活」という波瀾の歴史を歩みました。しかし、明治時代に入って禁教が解かれた後の信者たちの間には、復活せず（カトリック教会に戻らず）、独自に従来の信仰を維持してきた人々がいました。「はなれ」「かくれ」と言われる人々です。このいわゆる「かくれキリシタン」の信仰活動は、現在まで150年続いていますが、その数は数千人に減少しています。
禁教・鎖国体制下で潜伏キリシタンは、どのような形で信仰を維持してきたのか、それに関わる遺物・遺跡がいかに伝存されてきたのか。潜伏キリシタンの信仰生活は日本人の精神の在りようの一端に触れるものであり、その存在に言及せずして日本の歴史を語ることはできません。それは、たとえば、遠藤周作の『沈黙』や長与善郎の『青銅の基督』といった文学作品にも見て取れます。
潜伏キリシタンの姿を調査、研究する中で、今、記録に残さなければという使命を感じ、2015年より自治体や団体、有識者への協力要請も行いプロジェクトの準備活動を始め、2016年12月20日に本会を設立しました。プロジェクト達成のため、ご支援をお願いします。